Smamda Surabaya memiliki peserta didik yang berasal tidak hanya dari kota Surabaya, tetapi juga dari berbagai daerah di seluruh Indonesia. Untuk itu, Smamda menyediakan fasilitas tempat tinggal berupa Program Boarding yang ditujukan bagi siswa-siswi dari luar kota. Program ini dirancang agar para siswa tetap mendapatkan pengawasan dan bimbingan yang optimal selama jauh dari orang tua, melalui pendampingan intensif oleh musrif (pembina putra) dan musrifah (pembina putri).
Salah satu keunggulan Program Boarding Smamda adalah adanya pembinaan keagamaan yang dilakukan secara rutin setiap malam, yang dikenal dengan istilah Kajian Malam. Kajian ini menjadi pembeda utama antara siswa boarding dan non-boarding. Kegiatan kajian terbagi dalam beberapa tema: hari Senin diisi dengan pembinaan ibadah, hari Selasa terjemah Al-Qur’an, hari Rabu pengembangan Bahasa Inggris, dan hari Kamis tahsin Al-Qur’an. Selain itu, siswa boarding juga menjalani rutinitas harian seperti tahajud, salat berjamaah, serta pembinaan akhlak dan kepribadian secara berkala.
Peserta program ini terdiri dari siswa kelas X hingga XII, dengan prioritas utama diberikan kepada siswa-siswi dari luar Surabaya. Meskipun masa tinggal disesuaikan dengan kesediaan masing-masing siswa, sebagian besar peserta memutuskan untuk mengikuti program ini sejak kelas X hingga lulus. Kuota penerimaan program boarding terbatas dan dilakukan setiap tahun bersamaan dengan proses Penerimaan Peserta Didik Baru (PPDB).
Program Boarding smamda bertujuan untuk menciptakan lingkungan yang mendukung pembentukan karakter, kemandirian, dan kedisiplinan siswa. Melalui bimbingan spiritual, akademik, dan sosial yang terintegrasi, siswa diharapkan mampu menjadi pribadi yang berakhlak, cakap secara akademik, dan siap menghadapi tantangan kehidupan di masa depan.