SMAMDA didirikan pada 1 Januari 1975 oleh Pimpinan Cabang Muhammadiyah Ngagel Surabaya di sebuah lokasi sempit, kumuh dan rawan banjir di tengah perkampungan di Jl Pucang Taman ½ Surabaya.

Melangkah dari semangat Ber-Muhammadiyah oleh para warga Muhammadiyah cabang Ngagel, semangat yang sama tertular kepada warga Aisyiyah. Hal ini yang mengantarkan seluruh anggota untuk sedikit demi sedikit mengumpulkan dana, hingga akhirnya mampu membeli sebuah rumah di Jl. Pucang I no 2 untuk pembangunan ruang kelas SMP Muhammadiyah 5 Surabaya atau yang dikenal dengan SPEMA yang kelak menjadi cikal bakal berdirinya SMAMDA.

Dengan tekad dan keikhlasan hati para pengurus Muhammadiyah dan ibu-ibu Aisyiyah, akhirnya dibangunlah SMA Muhammadiyah 2 Surabaya, yang dikemudian hari dikenal dengan SMAMDA. Pembangunan SMAMDA sendiri didasarkan pada beberapa aspek, diantaranya:

• · Aspek Agama, yaitu untuk mengintegrasikan ajaran Islam dengan Ilmu Pengetahuan.
• · Aspek Filosofis, bahwa lembaga yang dikelola Mohammadiyah selama ini masih jarang dan terkesan ketinggalan jaman.
• · Aspek Historis, bahwa Muhammadiyah semakin mendapat dukungan dari masyarakat luas.
• · Aspek Pendidikan, bahwa lulusan SPEMA melanjutkan pendidikannya di lembaga pendidikan umum.

Melalui sebuah perjalanan panjang hingga akhirnya SMAMDA memiliki sebuah gedung yang megah, dilengkapi dengan fasilitas memadai berteknologi modern, SMAMDA menunjukkan perkembangan yang menggembirakan dari waktu ke waktu dalam berbagai aspek.